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由于gromacs需要二面角参数，然而文献中给的CHARMM力场的二面角力场不够，正好看到amber有非标准残基的制作，所以想看一下能不能出坑，没想到一坑比一坑高，爬出一个坑又掉进另外一个坑，坑坑相连，所以在这里把amber非标准残基的小坑给理清楚，给后来人，当然等我非标准氨基酸残基系统的跑完以后会分享给大家完整的流程，大家同样可以看一下是否可以跑出来。 问题1在使用如下命令生成bcc电荷时... Continue reading...

转载自:李思琪的博客，由于没有联系上作者未授权，自己的在写，写完就删除该转载：http://blog.csdn.net/sinat_23241095/article/details/53836200 在amber教程中给出了相关的教程，具体流程都是根据这个教程来制作的。 http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial5/ 但是他的电荷使用的是bcc电荷... Continue reading...

转自贾壮老师博客:http://blog.sciencenet.cn/blog-794272-718384.html 待整理 CHARMM力场提供了很多生物分子的力场参数，如蛋白质、脂质、核酸等，Gromacs中自带了CHARMM27力场，当然也可在Gromacs官网上下载到已转换成Gromacs支持的CHARMM36力场。不过使用Gromacs做MD模拟的朋友如果想模拟一个Gromacs中... Continue reading...

最近在捣鼓一个蛋白，而蛋白内包含有标准残基，弄了许久也没弄进去，谷歌的时候找到一个gromacs添加力场的流程，故简单翻译一遍分享给大家，若需要查看完整的内容可以移步官网:http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Adding_a_Residue_to_a_Force_Field 如果你有新的残基想要放入已存在的力场文件中，从而使得可以使用... Continue reading...

不知道他家有没有遇到一个这样的问题，比如我同源建模构建了氨基酸序列200-300的蛋白，但是其建模后蛋白还是会从1开始标注，这在一些绘图和分析的时候非常不方便，需要计算相应的残基编号的改变。又比如晶体结构或者蛋白存在一些缺失，使得残基序列发生跳段，遗憾的是同源建模并不能使得其智能的残基序列跳段，以前我一直使用的是Wincoot，但是安装比较麻烦，而且为了这么一功能安装这么大的网站有点“大材小... Continue reading...

Rotkit是一个pymol小脚本工具包，依稀记得还是大四的时候有人在bioms群里出售一个脚本，可以将配体周围的氨基酸残基进行突变，然后进行突变对接或者分析，来简单的查看突变对配体与蛋白之间的相互影响。当时觉得非常的高达上，今天查看Pymol的时候发现这个小脚本就可以非常容易的实现这个功能，当然pymol的功能不仅仅如此，还有更多的功能。 这个脚本套件是一个小的脚本合集，能够精确的将小分子... Continue reading...

此内容主要是为了对Pymol进行选择的小结总结，完全的内容可以查看PymolWiki。 pymol.png 此内容主要是为了对Pymol进行选择的小结总结，完全的内容可以查看... Continue reading...

VMD是一个分子可视化程序, 它采用三维图形技术以及内置脚本来对生物大分子体系进行展示, 动画制作和分析. VMD官方网站 http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/.其展示的蛋白非常漂亮，而且是免费软件，是与Pymol，UCSF Chimera齐名的可视化软件。但是粗粒化的显示效果不佳，好在可以在VMD 1.9.2以后自带的Bendix插件的帮助下显示非常美丽... Continue reading...

因为后期实验需要用到，最近几天在学习拉伸动力学模拟，虽然拉伸动力学教程为5.X版本，但是自5.1版本对于pull模块还是有较大的变化，这里和大家分享一下其中遇到的问题和我自己的解决方法。 英文版已经升级到5.1最新了，可能用5.1版本不会遇到这些问题 首先第一条就遇到了一点小问题 gmx pdb2gmx -f input.pdb -ignh -ter -o complex.gro 其提示选... Continue reading...

GromacsWrapper是一个调用Gromacs工具的封装Python包，其能够完美的通过python脚本来运行gromacs工具。其相比shell脚本在错误处理和结构检测中更具优势，同时其模块化以及代码的循环利用也是该软件包的一大特色。其支持的gromacs版本有（v4.6.x, v5.x, and 2016.x）笔者写这篇文章时版本为0.6.2，版本更新请查看最新文档 一、安装1... Continue reading...