分子模拟网站推荐

参考资料：待编辑

1.内容性推荐

综合性网站推荐：

小木虫论坛：一个综合性的论坛，项目非常杂，但是里面有非常多的资料分享。感觉对于交流和求知比较欠缺。

bioms分子模拟论坛：是一个专业性质的论坛，主要集中讨论计算机辅助药物设计这一快，氛围非常好，但是最近活跃度有所下降。

哲科文：李继存老师的个人博客，主要是gromacs的一些中文教程，老师人也非常好

勤力既懒猪：一些模拟方面的教程

计算化学公社：有论坛和门户网站，具体没有发掘~主要是看到了VMD的教程

思想家公社的门口：博客

科学空间: 并不是一个严格的分子模拟网站，更多的是算法相关的资源分享，还是非常推荐查看的

吴钩白的博客: 我最崇拜的学长之一，知识渊博，喜欢亲切的叫他一声老师

Howie：永远相信美好的事情终将发生

AspirinCode 和 Hexo版本: 建民兄的博客，其对药物设计有非常独特的见解

Liu Yujie 杰哥的博客，对gromacs有非常深的见解！

陈照强的博客强哥的博客，CADD大牛，对Python见解深刻

QQ群：

BioMS分子模拟-药物设计 68093966 【十分活跃】

药物研发科学计算 205448601

GROMACS中文组 132266540 【专一性强，很热心】

「药设之道」医药R&D 426442973

分子模拟技术交流 397981984 【田老师组织的群，很活跃】

计算生命科学 496548248

微信公众号：

生物研究生分子模拟牛人小9创立的一个分享分子模拟方面内容的微信公众号

分子模拟之道李老师创办的生物模拟资讯公众号，内容不多但是篇篇精华

王初课题组好文章的推荐公众号

生信杂谈分子模拟与生物信息杂交体

克里科学苑致力于组织生命科学及医学领域科研及应用培训的专业机构

药设之道致力于向大众和专业工作者传播药物设计新方法的公众号

2.软件推荐与教程

1.序列比对

ClustaX ：没有做过多深入了解

2.蛋白建模

2.1同源建模

Modeller：同源建模经典网站

Easymodeller：Modeller的可视化界面，深入学习的话不建议学

Swiss-model：在线建模网站，质量不错，可操控性高

GalaxyFill: 补充收尾缺失结构，可以用来制作融合蛋白

2.2从头建模

I-TASSER：Zhang实验室制作的一个从头建模在线服务器

Rostta：综合性软件，学术免费

2.3模型评价

2.4 结构准备

OpenBabel：一个格式转换工具，具有本地编译包和多种语言的API

Reduce：一个加氢删氢的命令行工具，仅支持PDB格式

3.分子对接

DOCK: UCSF DOCK,现在是第6版，同样具有柔性对接和刚性对接，对接的结果评价中等，学术免费，需要搭配Chimera使用。平台：linux

AutoDock：最为经典的对接软件，有一款HIV药物据说就是它的功劳，使用广泛，但是速度和准确度很低，据飞天说能量打分尚可。平台：linux/windows

AutoDock Vina：与AutoDock为同一实验室不同课题组产物，速度和准确度都有较大的提高，算是免费里面做的最好之一了。平台：linux/windows

Igemdock：台湾设计的一款对接软件，选择活性区域位点比较麻烦，但是准确度高（据华中师大-精灵测试）。平台：linux/windows

LibDock：对接速度快，Discover Studio集成，不是一般人买得起。平台：linux/windows

CDOCK：相对于LibDock更为精确。平台：linux/windows

LigandFit：柔性对接，同上，这三款都是DS集成的对接。平台：linux/windows

DrugScoreX： DrugScoreX是一个较新的，对于蛋白配体打分具有比DrugScore更高精度的软件，其打分功能是基于统计势能？(statistical potentials)

LigScore：与DrugScore的算法类似,提供本地(IMP 工具包)以及在线服务。

PoseViewWeb : 在线的对接2D相互关系图形显示工具

4.分子模拟/分子动力学 MD

gromacs: 一个开源的分子动力学模拟软件

Amber: 一个以生物为主导的分子动力学模拟软件，GPU加速模块收费

OpenMM：一个开源的分子动力学模拟软件，发展很好，但是社区和一类模拟软件还是有差距

OpenMD: 小型模拟软件

Martini: 最为流行的粗粒化力场

LigParGen: 配体OPLS/CM1A力场在线生成

4.1 体积检测：

Epock Epock是一个可以动态计算结合腔大小的一个软件，由于有VMD的可视化软件，所以非常的容易上手，简单~

fpocket2 具有在线服务器的体积检测软件，在线服务:点我进去

4.2 综合轨迹分析工具

MDTraj 可以进行轨迹转化，氢键分析等较为底层的工具包，但是非常好用

MDAnalysis 完全用Python编写的分析工具包

PLUMED 一个非常有名的分子模拟分析工具，暂时没有看

5.药效团构建

6.毒理测试

7.可视化软件

AstexViewer3.0 是一个基于java的轻量级软件，虽然功能简单，但是五脏俱全，特别是可以进行电子密度图查看，相对于pymol和vmd比较容易上手，其一些软件的设置方式与pymol和vmd类似，适合新学者或者编写脚本批量分析。

Pymol 一个跨平台的可视化开源软件，后因被薛定谔公司收购，有一部分发展为闭源更新

VMD 一个以命令行为主的开源可视化软件，个人感觉发展势头优于pymol，且可以和gromacs较好的连用，NAMD，amber的集成性也较好

Chimera UCSF chimera 功能强大，可以与dock连用

ChimeraX 下一代可视化软件，作图美丽但是功能暂时比较少

PMV Autodock/Autodock搭配的可视化软件，使用的人较少，一般都是用autodock搭配着使用的

8.开发库

Biopython：一个Python工具包，中文文档可以点此查看

scikit-bio: 一个提供多种生物科学功能，数据结构和算法的Python包

9.综合性软件

最后更新:2017/12/09