标题：Molecular Dynamics Analysis Reveals Structural Insights into Mechanism of Nicotine N -Demethylation Catalyzed by Tobacco Cytochrome P450 Mono-Oxygenase

杂志：Plos One

年份: 2011

影响因子：3.24

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方法：

1.结构准备：

建模 SWISS-MODEL ，评价 TM-score

分子对接：AUTODOCK

分子动力学：

GROMACS 4.5.3

力场：GROMOS96 53a6 force field

小分子力场：Dundee PRODRG Server

MD：30ns

2.分析：

RMSD, RMSF, Helix, and Channel analysis

RMSDs 骨架原子

C-alpha RMSFs

g_helix program 观察突变螺旋卷曲 Specifically, the helical rise per residue is
plotted as the difference in Z-coordinate between Ca atoms

通道：CAVER

主成分分析和协方差分析：

PCA（Principal component analysis）分析：脚本

另外蒲中机同学分享了一个脚本，生成豪猪图的~在这里分享给大家~版权归蒲中机所有~vmdtcl
会自动生成豪猪图