GalaxyFill是一个项目用来进行对蛋白的缺失结构进行补全。其功能我觉得非常强大,比如用来进行蛋白的延长,甚至进行融合蛋白的制作。
使用Galaxy需要为Linux 64-bit
位系统
请注意无法补全中间的缺失结构
安装
下载
GalaxyFill
项目:1wget https://github.com/seoklab/GalaxyFill/archive/master.zip解压
123unzip master.zip#修改名字mv GalaxyFill_master/ GalaxyFill设置环境变量
12345gedit ~/.bashrc##增加如下行,需要根据自己进行修改## GalaxyFill## export GALAXY_HOME=/home/kangsgo/install/GalaxyFillsource ~/.bashrc
使用
使用方法如下:
使用:1$GALAXY_HOME/bin/GalaxyFill [-h] [-p INPUT PDB File] [-s INPUT FASTA File]
输入参数和设置:1234-p or --pdb : Input protein structure file in PDB format (mendatory)-s or --seq : Input protein sequence file in FASTA format (mendatory)-o or --out : Output protein structure file name (optional, default=${Input PDB prefix}_fill.pdb)-t or --title : Running title for GalaxyFill (optional, default=${Input PDB prefix})