由于自己在使用G_mmbps时发现并不是那么准确,反复计算均未得到自己想要的结果,所以想试一下GMXPBSAtool得到的结果,但是安装和调试bug就花费了我一上午的时间,为了帮助大家更加快速的使用,我在这里总结一下经验分享给大家~
1.Gromacs安装
略
应该这个不可以使用mpi版本,自己测试也无法完成,若需要用mpi版本应该需要改bash脚本,至少将gromacs命令相应更改(PS:我使用的版本为5.0.2/5.0.6)
个人觉得应该可以安装一个版本不设置环境变量[!未测试!]
2.APBS安装
APBS下载点击此处查看
下载编译好的以及未编译的均可,若只是用于GMXPBSAtool可以不需要设置环境变量
我下载的1.3版本
命令如下:
tar zxvf apbs-1.3-source.tar.gz
cd apbs-1.3-source/
./configure –prefix=/home/gromacs/md/apbs
make
make install
3.GMXPBSAtool
解压,在bash/zsh中设置:
export GMXPBSAHOME=/home/gromacs/md/GMXPBSAtool
4.input参数配置
我配置的如下:
#GENERAL
root 289
multitrj n
root_multitrj
run 1 #options: integer
RecoverJobs y #options: y,n
Cpath /home/gromacs/md/apbs/share/tools/manip
Apath /home/gromacs/md/apbs/bin
Gpath /home/gromacs/md/gromacs/bin
#FFIELD
use_topology y #options: y,n
itp_receptor receptor.itp
itp_ligand TCD.itp
use_nonstd_ff n #options: y,n
ffield 5
#GROMACS VARIABLE
complex protein_TCD
receptor protein
ligand TCD
skip 1 #options: integer
min n #options: y,n
double_p n #options: y,n
#APBS VARIABLE
coulomb coul #options: coul,gmx
linearized n #options: y,n
precF 1 #options: integer 1,2,3(..)
temp 300
bcfl sdh #options: sdh,mdh,focus
pdie 2 #options: integer, usually between 1 and 20
#QUEQUE VARIABLE
cluster n #options: y,n
Q … #necessary only if cluster=”y”!!
mnp 1 #options: integer
#OUTPUT VARIABLE
pdf n #options: y,n
# ALANINE SCANNING
cas n #options: y,n
主要修改的地方有以下这么几点:
1).路径:
Cpath /home/gromacs/md/apbs/share/tools/manip
;apbs的coulumb工具
Apath /home/gromacs/md/apbs/bin
;apbs目录
Gpath /home/gromacs/md/gromacs/bin
;gromacs目录
2).力场文件
use_topology y #options: y,n
itp_receptor receptor.itp
itp_ligand TCD.itp
use_nonstd_ff n #options: y,n
ffield 5
由于我是做的受体配体,gromacs pdb2gmx不可以读小分子配体(无力场),所以use_topology,应该也可以改力场文件,加原子类型与电荷,但是自己修改不成功.注意需要放置topol.top文件,将topol.top中的蛋白数据提取出来,新建一个receptor.itp 否则会在后面报错.
ffield我选的amber5力场
3).Gromacs变量
complex protein_TCD
receptor protein
ligand TCD
在index.ndx中删除一个TCD,否则会报错
5.运行
将轨迹文件处理后命名为npt.xtc
tpr文件命名为npt.tpr
放入289文件夹下(可以修改)
1. cd EXAMPLE1
2. $GMXPBSAHOME/gmxpbsa0.sh and wait few seconds to finish the calculations
3. when the step 2. is done, type $GMXPBSAHOME/gmxpbsa1.sh and have a cup of coffe :)
4. when the step 3. is done, type $GMXPBSAHOME/gmxpbsa2.sh and wait few seconds to finish the calculations
参考文献:GMXPBSATool
