首次发布:2015-12-02
第一次更新:2017-12-21
第二次更新:2018-01-02
gromacs2018版本其实和gromacs5.X版本差别不大，正好新电脑到了，这里以2018版本为例进行安装
默认安装在各位文件夹（我的用户名yaolab）的install下：
一.预先安装：
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| sudo apt-get install gcc sudo apt-get install g++ sudo apt-get install gfortran
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二.安装cmake
方案一：直接apt-get
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| sudo apt-get install cmake
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方案二：编译安装
首先我们需要在cmake官网进行下载
发表文章时版本为3.10.1，所以以该版本为例
1.进入文件目录：
2.解压缩：
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| tar -xvf cmake-3.10.1.tar.gz
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3.进入目录：
4.设置，附加安装路径，我将其安装在cmake文件夹下
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| ./bootstrap --prefix=/home/yaolab/install/cmake
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5.安装
6.设置路径
gedit ~/.zshrc (1.ubuntu默认为bashrc命令，我这里改为了zshrc，下同，所以你可能下面所有的zshrc都需要改为bashrc 2.倘若你安装在/usr/目录下的话需要sudo获得权限，个人建议最好不要sudo su或者最高权限后进行操作，因为那样子所有的文件都是高权限的)
最底部增加
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| PATH="$PATH:/home/yaolab/install/cmake/bin/:." #其中/home/yaolab/install/cmake/需要替换为你的路径，下同 source ~/.zshrc
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6*.查看是否安装好
三.安装fftw
方案一.gromacs安装时集成[推荐]
方案二.自行编译安装
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| tar xvf fftw-3.3.4.tar.gz cd fftw-3.3.4 ./configure –enable-DFFTWF_INCLUDE_DIR –enable-shared make sudo make install #设置路径，或者gromacs那一步设置，由于不推荐这种方法，就不过多累述
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四.安装openmpi
openmpi可以在官方网站进行下载
1.同样先要进入开始放置下载的目录：
2.解压缩和进入目录,将其安装在openmpi目录下：
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| tar xvf openmpi-1.10.tar.gz cd openmpi-1.10 ./configure –prefix=/home/yaolab/install/openmpi
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3.安装：
4.环境变量设置：
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| export LD_LIBRARY_PATH=/home/yaolab/install/openmpi/lib:$LD_LIBRARY_PATH export PATH=/home/yaolab/install/openmpi/bin:$PATH
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五.CUDA驱动安装
由于amber和gromacs等许多软件都需要用的，我另起一篇文章，具体可以点我查看
注意两种方法都需要设置路径：
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| # CUDA export PATH="$PATH:/usr/local/cuda-9.0/bin" export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/cuda-9.0/lib64“
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六.GROMACS的安装
千呼万唤始出来，终于到了gromacs的安装了～其实gromacs的安装反而更加简单明了，我把其安装在/home/yaolab/install下面
1.进入目录解压进入目录（由于是给予新手帮助，原谅我啰嗦）
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| cd ~/install tar xfz gromacs2018.tar.gz cd gromacs2018
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2.创建文件夹：
3.进入文件夹
4.编译
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| cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_GPU=ON -DGMX_MPI=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/yaolab/install/gromacs
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这里解释一下
DGMX_BUILD_OWN_FFTW为是否自动安装FFTW，DGMX_GPU和DGMX_MPI为是否使用GPU模块和MPI模块，DCMAKE_INSTALL_PREFIX为安装路径。值得注意的是若为NVIDIA Tesla或者Quadro GPUS显卡最好增加-DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda，能够达到最大利用率
5.安装
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| make -j 32 make check make install
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6.设置环境变量
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| # gromacs source /home/kangsgo/mdinstall/md/gromacs/bin/GMXRC
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到此gromacs安装到此结束！
7.遇到的一些问题
出现类似如下信息:
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| nvcc fatal : Unsupported gpu architecture 'compute_20'
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这个问题的原因为cuda9.0以上版本不支持compute_20造成的，解决办法可以下载最新版本的gromacs，或者cmake/gmxManageNvccConfig.cmake中将
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| list (APPEND GMX_CUDA_NVCC_GENCODE_FLAGS "-gencode;arch=compute_20,code=sm_20")
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注释掉。
参考文章：
1.【致谢飞天大神及各位坛友】ubuntu、gromacs、g_mmpbsa的安装
- GMX在ubuntu系统下的安装，小编个人的安装经验仅供参考！
3.安装的gromacs 5.0.4 bin 里没有g_solvate_mpi
4.gromacs 5.0.2 mpi+GPU+gnu安装教程（联网+单机安装）
