全原子模拟中通常情况选择1.0nm左右 选的越大越精确,计算越耗时,gromos力场常常是选择1.4nm。
你有没比较这两个截断半径对结果的影响,如果显著,你可以讨论修改的原因,原则上截断半径应该是无限大才是真实情况,但是那样计算量会很大。

参考:康文斌@南京