这些是针对初学者的一些GROMACS教程。没有必要按顺序完成教程，但前两个教程在进入其他教程之前是必不可少的，因为后续教程全部使用了来自教程2的甲烷的结构文件(methane.pdb)和拓扑文件(topol.top)。这些教程是为GROMACS 5.1及更高版本设计的。如果您使用的是旧版本，则某些命令或参数可能已更改。 特别要注意的是，自5.0和更早版本以来，伞状采样的代码已经发生了变化。
要求
我假设你有一些关于命令行的相关知识。具体而言，您应该知道如何创建目录，更改目录，编辑文本文件以及将文件下载到系统中。 当您看到$或>时，这是命令行中的提示，并指示您应该输入它后面的文本。 如果命令行对您来说是新手，请考虑通过CodeAcademy教程进行学习。
我还假设你已经在可用的机器上安装了GROMACS。 源代码和安装说明可以在GROMACS文档页面找到。
在整个教程中，我们将使用OPLS(力场)甲烷和TIP4PEW水。
内容
- 水 - 建立基础模拟。找出TIP4PEW水的密度。
- 一个甲烷在水中 - 如何为分子创建拓扑文件并将其溶剂化。获取径向分布函数。
- 几个甲烷在水中 - 如何将多种溶质放入系统中。获得甲烷-甲烷之间的平均力势(PMF)。
- 甲烷溶剂化自由能 - 如何在偶联分子时进行自由能模拟。使用MBAR获取结果。
- 伞状采样 - 使用pull代码从伞状采样中获得甲烷-甲烷的平均力势。
- 测试颗粒插入 - 使用测试颗粒插入获得甲烷的过量化学势。
问题
如果您对翻译有什么问题，可以通过kangsgo at. vip.qq.com发邮件与我联系。如果教程中存在错误或错误，或者如果有什么不清楚的地方，请打开一个问题，我很乐意解决它。 如果您有关于GROMACS的一般问题，请参阅GROMACS文档。 您还可以将关于GROMACS的一般问题通过查阅邮件列表来解决。
