小康学习

感谢 康文斌@南京 提供这么好的工具信息 玩了bio3d的同学相比也发现了，其并不支持xtc的轨迹，而是只支持dcd的轨迹，这就麻烦了，众所周知很难兼容，这里再次感谢康文斌@南京提供的这么有用的轨迹转化信息！ http://mdtraj.org/development/mdconvert.html 待会儿马上就试 Continue reading...

https://code.google.com/p/mdanalysis/   参考文献：支持多种动力学软件轨迹文件的后处理分析：MDAnalysis Continue reading...

留有备用 http://bbs.ngacn.cc/read.php?tid=8192610 Continue reading...

感谢厦大-Ares 提供这么好的工具信息 官方安装地址：点我查看 可以看出ubuntu的安装最简单的方式如下： apt-get install r-base-core netcdf-bin libnetcdf-dev libxml2-dev \ libcurl3-dev seaview muscle pymol但是ubuntu的R编译包为3.0.2，bio3D要求为3.1+ 所以R需要自己... Continue reading...

由于做MD,近期搞了一个linux的小型服务器，用来协助跑MD,但是关闭putty之后相当于终端关闭了，以前用过screen，所以现在重新了解一下：Tang的博文非常不错，所以转载给自己留着备用 一、背景系统管理员经常需要SSH 或者telent 远程登录到Linux 服务器，经常运行一些需要很长时间才能完成的任务，比如系统备份、ftp 传输等等。通常情况下我们都是为每一个这样的任务开一个远... Continue reading...

最近一直在忙着我的论文修改，现在总算要告一段落了，马上要开启新的篇章，其中一个部分就是膜的体验，先准备学习以下gromacs李继存老师翻译的教程，这里记录一下学习的过程： DPPC膜中的KALP15： 教程使用的文章是06年的一篇3.9分的文章，准备学习完以后参考一下他的分析步骤：文献查看 第一步：准备拓扑 多肽如何准备的参考资料并未详细给出，由于我也是第一次学，自己也先跳过，你可以在文章底... Continue reading...

1234567891011121314151617181920212223set lipid [atomselect top "resname $lipres"];set lipidbox [measure minmax $lipid];set xmin [lindex [lindex $lipidbox 0] 0];set xmax [lindex [lindex $l... Continue reading...

蛋白质中那些氨基酸或基团可以结合金属离子哪些氨基酸的侧链可与金属离子结合，这些配体属于软碱还是硬碱？   A：蛋白质中最容易结合金属离子的大概是巯基（-SH）。这个也是很多金属离子毒性的来源。巯基在蛋白质中存在于半胱氨酸中。有时两个半胱氨酸通过脱氢形成二硫键（-S-S-）而使不同肽链连接起来。二硫键仍然具有结合金属离子的能力。 氨基、羟基等一切可提供孤对电子的均有可能与金属离子结合... Continue reading...

标题：Molecular Dynamics and QM/MM Calculations predict the Substrate-Induced Gating of Cytochrome P450 BM3 and the Regio and Stereo-selctivity of Fatty Acid Hydroxylation 摘要：通过scratch理论预测酶的活性。我们发现MD模... Continue reading...

  W：In cold water, the protein is surrounded by ordered water molecules in the hydration shell.Molecules in the shell are highly ordered and have low energy.Folding of a protein is (largely) ... Continue reading...