Ray

ray将会创建一个现在的框架图像的渲染（ray-traced）图像。我们平常使用pymol的时候可能就是直接ray一下出图，其实ray有许多功能可以挖掘，这里简单介绍一小部分。

使用

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ray [width,height [,renderer [,angle [,shift ]]]

angle和shift将会生成立体的配对
width和height为设置ray的长宽，可以超出现在的框架

例子

默认图像

图片1
图片1

简单渲染

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2
#全部使用默认设置
ray

图片2
图片2

PyMol API

1
cmd.ray(int width,int height,int renderer=-1,float shift=0)

设置

渲染模式

设置Ray_trace_mode设置可以修改最终成图的时候的PyMOL的内部渲染蛋白的模式.
下面可以查看不同模式的效果

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# 普通颜色
set ray_trace_mode, 0
# 普通颜色+黑色线
set ray_trace_mode, 1
# 仅包含黑色线
set ray_trace_mode, 2
# 倍色+黑色线
set ray_trace_mode, 3
# 建议设置
set antialias, 2
# 更改线的颜色
set ray_trace_color, magenta

效果如下

ray_trace_mode, 1

图片3
图片3

ray_trace_mode, 2

图片4
图片4

ray_trace_mode, 3

图片5
图片5

ray_trace_color, magenta

图片6
图片6

透视

在0.98版本以后，渲染速度得到了提升，选择的开关如下:

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2
3
set orthoscopic, off
set orthoscopic, on

放大近景如下:

1
set field_of_view, X

当50<X<70，默认为20.50-70 拥有非常强的透视效果。透视的轴为Y轴，而不是X轴

orthoscopic, off

图片7
图片7

orthoscopic, on

图片8
图片8

set field_of_view, 70

图片9
图片9

不知道为何我做出来没有效果，可以看官方的图例

图片10
图片10

渲染

renderer = -1 为默认渲染
renderer = 0 为PyMOL内部渲染器
renderer = 1 使用PovRay渲染器， Unix-only

例子如下

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2
# ray trace with an external renderer.
ray renderer=0

比较了一下-1和0模式的效果差别不大。