Pymol是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。

Pymol被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。据软件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol来制作的。

Pymol名字的来源：“Py”表示该软件基于python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子（molucule）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。

安装方法：

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sudo apt-get install pymol

我们通过pymol命令运行，看似安装成功，但是我们打开时会终端出现：

Segmentation fault

深度截图20151203010035
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出现这个问题主要是栈溢出造成的，因为默认ubuntu只有8MB，所以我们需要增加栈桥大小

百度上给予了这些方法：

在/etc/profile 的最后面添加ulimit -s unlimited 保存，source /etc/profile使修改文件生效

linux查看修改线程默认栈空间大小 ：ulimit -s

1、通过命令 ulimit -s 查看linux的默认栈空间大小，默认情况下 为10240 即10M

2、通过命令 ulimit -s 设置大小值 临时改变栈空间大小：ulimit -s 102400， 即修改为100M

3、可以在/etc/rc.local 内 加入 ulimit -s 102400 则可以开机就设置栈空间大小

4、在/etc/security/limits.conf 中也可以改变栈空间大小：

#<domain> <type> <item> <value>

  • soft stack 102400

重新登录，执行ulimit -s 即可看到改为102400 即100M

深度截图20151203010949
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最好我的方法是:

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sudo gedit /etc/profile

在最后一行增加：

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# add ulimit
ulimit -s 102400

重启，再ulimit -s

发现变为

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102400

完美解决！

1.如果自行安装最新的编译包，只需（倘若安装在我的kangsgo主目录的mdinstall/plot/py目录下）：

python setup.py build install –home=/home/kangsgo/mdinstall/plot/py

2.设置环境变量：

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~/.zshrc
# pymol
export PATH=”$PATH:/home/kangsgo/mdinstall/plot/py/bin/:.”
source  ~/.zshrc

倘若还不行请安装openGL环境或者直接上CUDA

深度截图20151203051619
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