ProDy项目

ProDy是一个自由并且开源的python工具包，用来进行蛋白质结构模拟分析。其设计作为一个柔性的并且具有API的套件，可以交互式的使用及应用发展。

结构分析

ProDy能够快速灵活的读取PDB和DCD文件，使用具有强大和可定义的原子选择性，快速执行的新方法。

动力学分析

能够完成如下主成分分析：

  1. X-ray结构异构体（残基缺失，突变）
  2. Blast搜索混合物结构数据

  3. NMR模型和MD快照（本质动力学分析）
    能够完成如下正常模型分析：

  4. 异向性网络模型（ANM）

  5. 高斯（Gaussian）网络模型（GNM）
  6. ANM/GNM通过取决于力函数的距离与性质
    动力学来自实验数据，理论模型和模拟使用NMWiz进行可视化

安装方法：

安装ProDy和Evol可以使用pip,pip install -U ProDy，或者使用编译的方法

译着注：国外的python下载较慢，建议更换为豆瓣源或者阿里云源，点我查看如何更换

参考文献：

Bakan A, Meireles LM, Bahar I ProDy: Protein Dynamics Inferred from Theory and Experiments 2011 Bioinformatics 27(11):1575-1577
Bakan A, Dutta A, Mao W, Liu Y, Chennubhotla C, Lezon TR, Bahar I Evol and ProDy for Bridging Protein Sequence Evolution and Structural Dynamics 2014 Bioinformatics 30(18):2681-2683