看了贾壮老师的博文Gromacs中添加CHARMM力场发现不同软件的力场数值是不一样的,进一步分析可以发现就是单位的变化导致的,所以在这里总(chao)结(xi)常用的力场软件使用的单位。

以下是常用的单元系统

UnitSystem Length unit Mass unit Time unit Charge unit Temperature Amount unit Energy unit

si_unit_system meters kilograms second Ampere Kelvin mole joule

cgs_unit_system centimeters gram second Ampere Kelvin mole 1e-7 joule

md_unit_system nanometers daltons picosecond q electron Kelvin mole kilojoule

planck_unit_system pl. length pl. mass pl. time pl. charge pl. temperature item pl. energy

akma_unit_system angstroms daltons akma time q electron Kelvin mole kilocalorie

以下为常用软件以及其单元系统:

软 件 单元系统

AMBER akma_unit_system

CHARMM akma_unit_system

Tinker akma_unit_system

Desmond akma_unit_system

LAMMPS akma_unit_system

NAMD akma_unit_system

AceMD akma_unit_system

OpenMM md_unit_system

Gromacs md_unit_system

Gromos md_unit_system