看了贾壮老师的博文Gromacs中添加CHARMM力场发现不同软件的力场数值是不一样的,进一步分析可以发现就是单位的变化导致的,所以在这里总(chao)结(xi)常用的力场软件使用的单位。
以下是常用的单元系统
UnitSystem Length unit Mass unit Time unit Charge unit Temperature Amount unit Energy unit
si_unit_system meters kilograms second Ampere Kelvin mole joule
cgs_unit_system centimeters gram second Ampere Kelvin mole 1e-7 joule
md_unit_system nanometers daltons picosecond q electron Kelvin mole kilojoule
planck_unit_system pl. length pl. mass pl. time pl. charge pl. temperature item pl. energy
akma_unit_system angstroms daltons akma time q electron Kelvin mole kilocalorie
以下为常用软件以及其单元系统:
软 件 单元系统
AMBER akma_unit_system
CHARMM akma_unit_system
Tinker akma_unit_system
Desmond akma_unit_system
LAMMPS akma_unit_system
NAMD akma_unit_system
AceMD akma_unit_system
OpenMM md_unit_system
Gromacs md_unit_system
Gromos md_unit_system