此篇文章是简单的归纳总结官网的Rendering CG bonds & constraints with VMD, 查看的时候的时间为16 August 2017，请注意时效性。

该脚本分为两个版本，一个是gromacs5以前版本，一个是gromacs5版本（包括2016），以下均以cg_bonds-v5.tcl为例

使用方法：

使用的方法与VMD其他脚本类似，即source一下即可

source /path/to/cg_bonds-v5.tcl

现在脚本可以通过-top设置来读入.top和.itp文件

cg_bonds：

-molid “top” VMD-defined ID of the molecule to process

-gmx /usr/bin/gmxdump gmxdump绝对路径的执行脚本，对于版本5，默认的为/usr/bin/gmx

-tpr topol.tpr 顾名思义

-top topol.top 顾名思义

-topoltype “martini” 蛋白拓扑类型:”martini”,”elastic”,”elnedyn”

-net “martini” 绘制网络:”martini”,”elastic”,”both”

-bndrcnstr “both” 绘制键和/或约束”bonds”,”constraints”,”both”

-cutoff 7.0 键截距（埃）

-color “red” 颜色名称或者VMD定义ID对于elastic 键

-mat “Opaque” 对于elnedyn键的材料

-rad 0.2 elastic键半径

-res 6 elastic键分辨率

例子:

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user@machine $ vmd protein.gro
vmd >  source /home/user/scripts/cg_bonds.tcl
vmd >  cg_bonds -top system.top -topoltype “elastic”
vmd >  cg_bonds -gmx /home/user/bin/gmx-4.5.4/bin/gmxdump -tpr dyn.tpr -net “elastic” -cutoff 12.0 -color “orange” -mat “AOChalky” -res 12 -rad 0.1 -topoltype “elastic”
vmd > cg_delete_elastic_bonds