利用pandas处理mdpout_descriptors文件
mdpout_descriptors文件项目过多，虽然可以直接用R进行作图，无奈我不会使用R，所以网上半摸索学习pandas写了一个简单的方法处理文本，如下：
Continue reading...
小康学习
计算化学与分子模拟爱好者
-
-
[自写]focket2 中md处理脚本
保存为sh格式后缀，放入处理文件目录，会生成fopcket2文件夹，内包含所有内容 123456789101112131415161718192021222324252627282930313233343536373839404142#!/bin/bash# author:kangsgo# name: fpocket2 MD 前处理脚本# method:# 默认轨迹名称：mdwhole... Continue reading... -
fpocket2探索
安装教程之前了解了以下Epock，前一篇文章也使用了Epock做分析，最大的好处就是简便，但是其分析是建立与自己处理口袋上的，这样误差就非常的大，导致模拟往往开始的时候体积高，后期下滑的很厉害～看到一篇plos one 上使用了fpocket2，所以使用了解一下。fpocket2有一个好处是有在线服务:点我进去要求：基于可视化软件VMD和Pymol安装: 12345tar -xzf fpocket2.tar.gzcd fpocket2makemake testsudo make install 如果遇到错误，将makefile中部分内容进行替换： 123$(LINKER) $(LFLAGS) $^ -o $@by$(LINKER) $^ -o $@ $(LFLAGS) fpocket基本使用 Continue reading... -
自用脚本分享
计算G_mmpbsa1234567891011121314151617#!/bin/bash# author:kangsgo# method:# loop 后面为文件夹变量,表示进入哪个文件夹# trj_125-150ns.xtc 轨迹变量for loop in achmd bnf318 qna tcdddoecho "开始执行!";echo "进入第一个目录:$loop!";cd /home/gromacs/shiyan/$loopecho "进行一步计算"echo -e "1\n13\n"|g_mmpbsa -f trj_125-150ns.xtc -s npt.tpr -n index.ndx -i canshu/pbsa.mdp -pdie 2 -pbsa -decompecho "开始能量拆分"python3 MmPbSaStat.py -m energy_MM.xvg -p polar.xvg -a apolar.xvgpython3 MmPbSaDecomp.py -bs -nbs 2000 -m contrib_MM.dat -p contrib_pol.dat -a contrib_apol.datecho "完成"done 计算rmsf，并且处理轨迹 Continue reading... -
Django SHOP文档浅尝
Django SHOP是Django web里面最出名的shop类软件了，查到其有开发文档，所以研究学习一下文档。 文档地址：http://django-shop.readthedocs.io/en/stable/ Continue reading... -
Flask-Python Web 开发
这个是我参照的Flask官网的一个例子~demo.tar Django笔记：https://www.gitbook.com/search?q=Django+ Continue reading... -
[转载]常用分子力学与力场的参考文献
Molecular Mechanics and Force Field References AMBER, Assisted Model Building and Energy Refinement AMBER/OPLS, The AMBER force field with Jorgensen’s OPLS parameters CHARMM, Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics DISCOVER, force fields of the Insight/Discover package ECEPP/2, a pairwise potential for proteins and peptides GROMOS, GROningen MOlecular Simulation package MM2, the class 1 Allinger molecular mechanics program MM3, the class 2 Allinger molecular mechanics program MM4, the class 3 Allinger molecular mechanics program MMFF94, the Merck Molecular Force Field Tripos, the force field of the Sybyl molecular modeling program Comparisons and Evaluations of Force Fields Continue reading... -
Lennard-Jones势的截断半径的选取有什么有什么要求？都和那些因素有关呢？
全原子模拟中通常情况选择1.0nm左右 选的越大越精确，计算越耗时，gromos力场常常是选择1.4nm。你有没比较这两个截断半径对结果的影响，如果显著，你可以讨论修改的原因，原则上截断半径应该是无限大才是真实情况，但是那样计算量会很大。 参考：康文斌@南京 Continue reading... -
NetCDF安装
http://blog.sciencenet.cn/blog-653020-549872.html 留作备用 Continue reading... -
mdtraj安装
mdtraj安装有两种方式，一种是用conda，比较方便省事，先安装conda123# 下载时要看清楚 Anaconda3 还是 2，对应的是 Python 3.5 和 2.7wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/Anaconda3-2.5.0-Linux-x86_64.shbash Anaconda3-2.5.0-Linux-... Continue reading...
