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g_mmpbsa现在可以不编译直接用，非常的方便，现在提供了4.5.x，4.6.x和5.0.x三个版本，暂时不支持5.1以上版本。 1.安装教程 先从这里下载预编译版本 1234tar -zxvf g_mmpbsa.tar.gzcd binsudo cp g_mmpbsa /usr/local/bin/.sudo cp energy2bfac /usr/local/bin/. 也可以设置环境... Continue reading...

这个主要是rostta下载的时候没有速度，所以想拖到vps上然后下载。 方法为在hostloc的朋友告知 wget http://user:passwd@url.com/xxx.files.tar.gz Continue reading...

此是记录的按照前面做了以后 废话不多说，先调整周期性1trjconv_mpi -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o md_0_1_noPBC.xtc -pbc mol -ur compact 全部选择 0(“System”) 老规矩，作图 1gmx rms -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -o rmsd.xvg -tu ns 全... Continue reading...

自己之前稍微学习过一点PHP和Python的书籍，但是两个都学的不是很精，应该是项目做少了，还有就是前面学的非常不扎实，所以要从头学，找了这么多资料，个人感觉老齐的《从零开始学Python》非常不错，推荐给大家！   还发现一个国外特别经典但是国内翻译了的《笨方法学python》，推荐给大家～挺经典的 Continue reading...

个人还是比较喜欢用pymol插件做的，仁者见仁智者见智吧~ [video width=”800” height=”600” wmv=”http://kangsgo.com/wp-content/uploads/2016/01/vina_tutorial.wmv"][/video] Continue reading...

参数具体用法可以查看：官方文本 有空再翻译 ; ; File 'mdout.mdp' was generated ; By user: kangsgo (1000) ; On host: kangsgo-pc ; At date: Thu Dec 31 22:38:07 2015 ; 5.02参数所有备注 ; ; VARIOUS PREPROCESSING OPTIONS ; Prepro... Continue reading...

网上VMD安装教程很多，也非常简单，在这里我只是为了给自己做一下笔记记录一下。 软件下载地址：点我下载 我选择的版本为：LINUX_64 OpenGL, CUDA, TachyonL-OptiX 下载后我放在了1/home/kangsgo/mdinstall/plot/ 文件夹下 解压文件12tar -xvf vmd-1.9.2.bin.LINUXAMD64-RHEL5.opengl.tar... Continue reading...

来源：嘉晔@武汉 Continue reading...

gromacs小分子的配体的电荷问题一直时gromacs模拟蛋白-配体复合物中的难点与重点～网上有许多相关方面的教程，但是都没有成为系统，应李继存老师之邀，把最近摸索的方法过程总结出来，分享给大家～感谢网络上的朋友对我的帮助～ 我们以我现在在做的蛋白配体复合物进行模拟，蛋白质为AhR的PAS-B结构域，其是AhR转录因子的配体结合区～TCDD复合物是AhR的经典激动剂。 由于AhR晶体结构并... Continue reading...

英文版教程：点我查看 中文版教程：严重的然后口头禅····· 你可能需要用到的： 1.ADT和Autodock/vina的安装 2.Pymol安装与问题解决 3.Pymol插件：Autodock/Vina Continue reading...