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首次发布:2015-12-02 第一次更新:2017-12-21 第二次更新:2018-01-02 gromacs2018版本其实和gromacs5.X版本差别不大，正好新电脑到了，这里以2018版本为例进行安装 默认安装在各位文件夹（我的用户名yaolab）的install下： 一.预先安装：123456sudo apt-get install gccsudo apt-get instal... Continue reading...

首次版本:2015-12-3 第一次更新日期:2017-9-11第二次更新日期:2017-12-21 首先您可能需要安装CUDA和Openmpi 这里就不再详细说明，您阅读这篇文章时默认已经安装了这两个 我们以将amber安装在/home/kangsgo/mdinstall/md下为例： 1.进入目录：1cd /home/kangsgo/mdinstall/md 2.解压12345tar x... Continue reading...

介绍此文章不完全翻译自官方文档，不定期更新，欢迎关注 Open Babel是一个非常优秀的支持多种分子格式的开源软件，同时可以进行2D 3D格式的转换，也可以编写脚本。编译安装方法可以查看我们之前的文章。 对于python，Open Babel是支持的很好的，其包括了两个Python包，分别为openbabel模块和Pybel模块。 1.Openbabel模块 其包含标准的Python... Continue reading...

Gromacs非标准残基构建李老师其实已经有非常详细的实例来讲解如何进行非标准残基的搭建方法，此方法是之前根据李老师的方法结合amber教程进行改编的方法，可以作为参考。 我们使用ser磷酸化的蛋白作为实验，由于还未发表文章，暂时不提供示例步骤下载。若有问题可以邮件联系我交流：kangsgo#vip.qq.com 1.单独保存非标准残基我们首先使用pymol将sep独立导出12select ... Continue reading...

Python 图像教程介绍需要用到的软件 Python 3+ numpy matplotlib mahotas ipython&notebook 第一个项目:计算细胞核我们的第一个任务是进行细胞核的计算，你可以点击图像进行下载到本地跟着进行运行 ... Continue reading...

hi!各位好久不见，小伙伴们的科研道路是否顺利。我的导师告诉我要讲好故事，才能让人觉得生动有趣，所以我今天想用另外一种方式和大家分享今天发现的一个大玩意儿 故事的开始是我有一张图片，想计算图片里东西的长宽，如果一个一个数，一个个比，那太费劲了，所以就百度了一下，看一下有什么办法解决没有，然后谷歌到了一个python处理细胞细胞核的工具，觉得自己应该能够用的上（后面和大家分享），进一步挖掘发现... Continue reading...

FocalBlur是一个Pymol脚本可以创建非常cool的图像，将周边的的图像虚化，更加突出中心的object。虚化图片如下: 图片1 使用首先加载FocalBlur脚本:1run ... Continue reading...

我们需要提取下面的表格到本地，具体图片如下: 图片1 我们首先先点击表格右上角的JSON下载为JSON格式(假设保存的为data.json格式)，打开可以发现其数据与表格上的数据是有... Continue reading...

SMINA教程以CDPK1为例 原作者:David Ryan Koes翻译:康文渊 若进行精读建议查看原文以及参考文献，本文是我根据教程快速阅读做的笔记 Q1:我们有autodock vina，为什么还要SMINA？ A1:SMINA有更加优秀的速度和更加的扩展性 Q2:用该对接软件有什么优势？ A2:首先该对接软件为免费/学术免费软件，其次其有非常良好的对接准确度，甚至在商业软件中都为上... Continue reading...

做生物信息，个人感觉R与python都挺重要的，个人更加喜欢python，因为其除了R的功能以外还可以做很多事情，可以成为一个全技jian工程师，当然公认的python的画图还是没有R强大。做python的科学计算，不得不提到大名鼎鼎的跨平台管理工具conda了，其有许多优势，再也不要看pip缺少什么依赖环境了，同时可以在任意版本的python中进行切换以及构建环境，非常好用。 管理环境对于... Continue reading...