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因为网站kangsgo.cn进行了备案，以后请访问这个域名，谢谢啦^_^ Continue reading...

参考资料：待编辑 1.内容性推荐综合性网站推荐：小木虫论坛：一个综合性的论坛，项目非常杂，但是里面有非常多的资料分享。感觉对于交流和求知比较欠缺 。 bioms分子模拟论坛：是一个专业性质的论坛，主要集中讨论计算机辅助药物设计这一快，氛围非常好，但是最近活跃度有所下降。 哲科文：李继存老师的个人博客，主要是gromacs的一些中文教程，老师人也非常好 勤力既懒猪：一些模拟方面的教程 计算化学... Continue reading...

1.Gromacs笔记整理1.1.安装篇Gromacs2018 详细安装 (兼容gromacs5.X版本) Gromacs CUDA版一键安装脚本 1.2.核心教程1.2.1 James (Wes) Barnett教程Gromacs教程 GROMACS教程1-水 GROMACS教程2-水中的单个甲烷 1.2.2 简单教程GROMACS之水中部分載脂蛋白 1.2.3 蛋白配体教程LigPar... Continue reading...

转载请联系，且保留链接 翻译自:MOLINFO 目标此命令主要是提供使用信息在已存在的系统中 流程plumed提供了三种识别不同的残基模式:MOLTYPE=protein,MOLTYPE=rna,MOLTYPE=dnaMOLINFO进行蛋白或者核酸pdb文件操作可以使用@特征符:12@"definition"-chainresiduenum@"definitio... Continue reading...

之前看到文献中有能量景观图，非常羡慕，而且感觉很高大上，等自己真正体会了主成分分析以后就比较释然了，但是若本身不是做模拟的，用来放一张图在支撑材料我感觉还是非常的好。 示例图如下: 图片1 ... Continue reading...

最近比较忙，拿出一篇以前翻译的教程凑数 关键词：一般设计 If you want to run supercharge now, the application is called ‘supercharge’ in src/apps/public/supercharge.cc. 这里有四个例子: (where ROSETTA3=path-to-Rosetta/main/source) 1$&... Continue reading...

在我们MD中我们有时候很少进行水模型的选择，很多时候我们对于不要求精确的体系使用spc水模型，对于相对要求精确的模型一般使用tip3p模型，对于离子或者小分子的研究有时候使用tip4p的模型，这些在gromacs中都是含有的，但是水模型一直在发展，不同的体系可能对于水模型有较大的变化，具体可以查看水模型的综述页面。例如核酸中用的较多的除了tip4p-eW水模型以外还有OPC水模型，但是该水模... Continue reading...

保存文件简单的保存笔记，仅个人之用，所以可能有点潦草 PyMOL可以使用save命令：保存 .pdb, .pqr, .mol, .sdf, .pkl, .pkla, .mmd, .out, .dat, .mmod, .pmo, .pov, .png, .pse, .psw, .aln, .fasta, .obj, .mtl, .wrl, .idtf, .dae, or .mol2格式 同样可... Continue reading...

有时候有一些蛋白是对称单元组成的，如铁蛋白，但是晶体结构pdb坐标只有一部分，另外一部分写在信息里，我们如果想看全部或者需要全部的pdb坐标，可以使用如下方法实现: Assembly该功能需要PyMOL 1.8以上设置对称单元，如下: 1234567set assembly, ""fetch 3bw1, asu, async=0set assembly, 1fetch 3bw1, assem... Continue reading...

原文：James (Wes) Barnett翻译：谷歌/康文渊-湖南大学 在本教程中，我将向您展示如何在一个盒子的TIP4PEW水中创建一个包含一个OPLS力场甲烷的系统。 ##设置和以前一样，我们需要一个结构文件，一个拓扑文件和参数文件。我们将使用GROMACS工具gmx pdb2gmx从pdb文件生成拓扑。 用pdb2gmx设置残基对于这个分子，我们将使用OPLS力场。 力场位于顶层力场... Continue reading...