王新宇@天津<wangdephor@qq.com> 9:07:29
@吴萌@上海 ,取残基中两个特定原子间的距离可以吗，比如alpha碳，如果是残基质心的话，我觉得需要自己动手写脚本
吴萌@上海(2425896046) 9:10:25
我想分析的是两个residue间的距离随时间的变化情况
王新宇@天津<wangdephor@qq.com> 9:11:53
每个残基好多原子，怎么定义残基距离呢
赵红霞@南京(763348803) 9:12:19
先分别找到两个residue的质心，再测量两个质心的距离随模拟时间的变化。
王新宇@天津<wangdephor@qq.com> 9:12:58
这个测量有现成选项吗
赵红霞@南京(763348803) 9:13:14
原理是这样，具体操作就不会了
王新宇@天津<wangdephor@qq.com> 9:13:49
最好有现成脚本，
吴萌@上海(2425896046) 9:14:10
我昨天用了distance，我引用了ndx，然后选择了分组，就是选好了要测的氨基酸，但选好后停那了，没有得到我想输出的文件
蒲中机@大连(1530547071) 9:14:20
gmx distance 可以
蒲中机@大连(1530547071) 9:14:35
肯定能完成的
王新宇@天津<wangdephor@qq.com> 9:15:14
好，去试试
张鲁格@济宁(374248600) 9:15:14
对
赵红霞@南京(763348803) 9:15:28
应该有一个选质心的过程吧
吴萌@上海(2425896046) 9:15:29
@赵红霞@南京 怎么找质心
赵红霞@南京(763348803) 9:16:06
我先前在MS里是这么做的，gromacs还刚刚摸索呢
阮洋@南京(1532014681) 9:23:05
或者是g_dist，用质心，输出的结果，编程处理一下
康文斌@南京(407747533) 9:23:38
求残基距离有很多的方法：1、可以参考US例子中的方法2、你可以定义bond
康文斌@南京(407747533) 9:24:51
gmx distance -s pull.tpr -f conf${i}.gro -n index.ndx -select ‘com of group 19 plus com of group 20’ -oav dist${i}.xvg&>/dev/null
康文斌@南京(407747533) 9:25:05
改改这个是一种方法
康文斌@南京(407747533) 9:27:23
选择你关心的原子做为两个组
康文斌@南京(407747533) 9:28:53
还有一个大家可以关心PLUMED，这个可以做的事更多。其中有些工具可以实现你想计算的物理量。