小康学习

计算化学与分子模拟爱好者

2018-04-23
- 分子模拟
Gromacs教程1-水

原文：James (Wes) Barnett翻译：谷歌/康文渊-湖南大学在本入门教程中，我将向您展示如何创建一个盒子的水，并在恒定的温度和压力下对其进行简单模拟。最后我们会找出水的密度。设置每个GROMACS模拟需要三个基本文件：结构（.gro / .pdb），拓扑（.top）和参数（.mdp）。结构文件包含系统中每个原子位点的笛卡尔坐标。该拓扑文件包含有关每个原子位点与其他原子位... Continue reading...
- Gromacs
2018-04-23
- 分子模拟
Gromacs教程

这些是针对初学者的一些GROMACS教程。没有必要按顺序完成教程，但前两个教程在进入其他教程之前是必不可少的，因为后续教程全部使用了来自教程2的甲烷的结构文件(methane.pdb)和拓扑文件(topol.top)。这些教程是为GROMACS 5.1及更高版本设计的。如果您使用的是旧版本，则某些命令或参数可能已更改。特别要注意的是，自5.0和更早版本以来，伞状采样的代码已经发生了变化。 ... Continue reading...
- Gromacs
2018-04-10
- 蛋白建模
Rosetta系列-PyRosetta安装

转载请联系，且保留链接 PyRosetta是一个Python为基础的Rosetta交互套件。其打开了用户自定义的利用Rosetta采样方法和能量函数进行自定义建模的方法。安装在下载页面选择合适的版本 1234567891011#解压tar -vjxf PyRosetta-<version>.tar.bz2.# 移动位置mv PyRosetta<version> Py... Continue reading...
- Rosetta
2018-04-10
- 蛋白建模
Rosetta系列-FloppyTail构建蛋白柔性尾

转载请联系，且保留链接使用这个代码需要蛋白具有长的柔性尾，在晶体结构中是缺失的，生物化学证据表明已知结合伴侣上尾部的特定结合位点.该代码旨在模拟长柔性尾巴的范围并确定假设的结合位点是否合理。该工具更有用于测试关于可能的构象的假设，并探索可用的构象空间，而不是找到“唯一真正的结合模式”。如果你的尾巴真的很灵活，它可能没有一个“真正的结合模式”。代码和演示代码位于rosetta/main... Continue reading...
- Rosetta
2018-04-08
- 分子模拟
PLUMED系列-安装教程

转载请联系，且保留链接 PLUMED是许多分子动力学模拟包的插件，主要能进行MD的增强采样或者执行非常多的自由能计算方法。可以使用诸如元动力学，伞形采样和基于 Jarzynski 方程的转向 MD 之类的现有技术来执行自由能计算作为许多次序参数的函数，特别关注生物学问题。模拟的高分文章很多运用了该工具。下载地址如下:plumed-2.4.1 快速安装如果你迫不及待的想练手，可以通过如下方... Continue reading...
- Gromacs
- PLUMED
2018-03-22
- 分子模拟
PLUMED系列-Trieste使用PLUMED分析轨迹

该教程计划每周自己做一个转载请联系，且保留链接翻译自:Trieste tutorial: Analyzing trajectories using PLUMED 目标主要是熟悉PLUMED语句，并用来写简单的CV(collective variable)进行分析已有的轨迹流程写一个简单的PLUMED输入文件，使用PLUMED driver来分析轨迹使用GROUP关键字进行压缩和快速... Continue reading...
- Gromacs
- PLUMED
2018-03-21
- Linux
自动化之Pexpect

最近发现做了很多模拟，但是一些常规分析每次都需要进行查阅，套路化计算，我在想为何不能自动化每次模拟完自动执行一下呢？之前写了一个shell脚本的，现在看起来非常不高级，而且时间久了就会忘记，磨刀不误砍柴工，所以最近粗略的学习了Python自动化运维常用的两个模块，Pexpect和psutil，在这里简单介绍一下。 Pexpect简介Pexpect是一个终端自动交互python模块，十分易... Continue reading...
- 自动化
2018-03-16
- 分子模拟
马尔科夫状态模型模拟笔记

只是粗略翻译，未校正此篇文章以RNA MD为舟，主要参考《RNA Structural Dynamics As Captured by Molecular Simulations: A Comprehensive Overview》一文3.2.3: Markov State Models一节。近年来，马尔科夫状态模型（Markov State Model，MSM）方法在增强采样中得到... Continue reading...
- 增强采样MD
2018-03-16
- 绘图与可视化
Chimera补全蛋白缺失结构

可能很多人喜欢用pymol，其实我认为Chimera是一个更加强大的可视化软件，只是不容易上手，可能不符合国人使用习惯用的人相对较少，这里简单介绍一下最近用到的Chimera补全蛋白缺失结构。其实Chimera补全蛋白缺失结构主要是是利用的modeller，可以补全尾部结构或者中间的缺失结构，所以个人觉得对于之前介绍的GalaxyFill更加强大。我们以PDB:1qln为例，1qln为T... Continue reading...
- Chimera
2018-03-15
- 分子模拟
利用GalaxyFill补全蛋白

GalaxyFill是一个项目用来进行对蛋白的缺失结构进行补全。其功能我觉得非常强大，比如用来进行蛋白的延长，甚至进行融合蛋白的制作。使用Galaxy需要为Linux 64-bit位系统请注意无法补全中间的缺失结构安装下载GalaxyFill项目: 1wget https://github.com/seoklab/GalaxyFill/archive/master.zip 解压 123... Continue reading...
- Galaxy