小康学习

概要smina 是基于Autodock Vina的软件，主要聚焦于提升算法和最小化。主要的改变包括: 通过OpenBabel提供能多的配体分子格式 支持多配体文件 增加术语类型（例如:去溶剂化能，静电势能） 支持用户自定义得分参数和得分功能 基于特异的结合配体自动计算盒子 允许输出超过20个对接姿势 提升了最小化算法 *如果配体不是pdbqt格式，那么在文件中需要局部电荷。完成这项工作在... Continue reading...

示例如下： 12345678910111213141516171819202122232425Open 2GHA.pdb.Delete chain B. Select / Chain / B and Actions / Atoms / DeleteColor ribbon. Presets / Interactive 1 (ribbons)Highlight ligand. Select /... Continue reading...

123456789#!/bin/sh#作者：GROMACS中文组群: 广药-阿福#x轴grep ^ATOM $1 | awk ‘{print $7}’| sort -n |sed -n ‘1p;$p’#y轴grep ^ATOM $1 | awk ‘{print $8}’| sort -n |sed -n ‘1p;$p’#z轴grep ^ATOM $1 ... Continue reading...

好久没有使用Dock了，不知不觉中已经更新到了6.8。首先需要在官网填写资料下载:http://dock.compbio.ucsf.edu/DOCK_6/index.htm 每个邮箱可以登陆5次，不过用完了可以新用一个邮箱，申请过的邮箱不能再次申请，需要发邮件或者重新使用一个邮箱。 ... Continue reading...

  阅读前请注意: 1.此文仅是我看Martini文献的一些总结，若需要使用Martini力场建议仔细的查看官网信息和相关文献。此文花费较大精力，若有什么意见或者建议欢迎发邮箱交流。邮箱为kangsgo@vip.qq.com 湖大-小康 2.由于我只关注蛋白模拟，故只查阅了Martini力场2.2的文献以及蛋白参数文献 3.此笔记对于Martini性能评测部分只关注了部分内容M... Continue reading...

阅读前请注意: 1.此文仅是我看Martini文献的一些总结，若需要使用Martini力场建议仔细的查看官网信息和相关文献。此文花费较大精力，若有什么意见或者建议欢迎发邮箱交流。邮箱为kangsgo@vip.qq.com 湖大-小康 2.由于我只关注蛋白模拟，故只查阅了Martini力场2.0的文献以及蛋白参数文献 3.此笔记并未包含Martini力场性能测评部分，可能后续会加上粗粒化（... Continue reading...

本文转自:小ks强博客的ubuntu16耳机没声音解决 由于需要用到GPU显卡用于 gromacs计算，但是装了CUDA驱动后就没有声音了，网上很多办法都没解决，今天看到这个方法完美解决 首先用在终端输入如下命令，安装pulseaudio音量控制软件 1sudo apt install pavucontrol 终端输入指令pavucontrol，在配置中将HDA NVIDIA设置为关，下面设... Continue reading...

此篇文章是简单的归纳总结官网的Rendering CG bonds & constraints with VMD, 查看的时候的时间为16 August 2017，请注意时效性。 该脚本分为两个版本，一个是gromacs5以前版本，一个是gromacs5版本（包括2016），以下均以cg_bonds-v5.tcl为例 使用方法：使用的方法与VMD其他脚本类似，即source一下即可 ... Continue reading...

看了贾壮老师的博文Gromacs中添加CHARMM力场发现不同软件的力场数值是不一样的，进一步分析可以发现就是单位的变化导致的，所以在这里总（chao）结（xi）常用的力场软件使用的单位。 以下是常用的单元系统 UnitSystem Length unit Mass unit Time unit Charge unit Temperature ... Continue reading...

首发时间: 2015年12月9日 更新时间:2017年9月13日 一、安装Linux版Gaussian例如安装在/home/kangsgo/install/g09下，下同 首先解压 123456789unzip gaosi09-D01.zipmv g09D01 g09cd g09mkdir scratchgedit ~/.bashrc 在里面加入 123export g09root=/hom... Continue reading...