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1cat *.mol2 > total.mol2 来源:贵医-周 Continue reading...

由于自己想用LigPlot作图，但是做出来的图并不理想，有一些氨基酸残基并不能被绘制上去，所以想看以下有没有解决办法。（最后发现还是无法这么弄） LigPlot+是LIGPLOT和DIMPLOT项目的图形终端。绘图生成的项目可以交互式的在界面上编辑，然后写PostScript文件来绘图或者转换成其他的图像格式。除此之外，你可以叠加相关的LIGPLOTs 蛋白结合相似或者相同的配体，或者相同/... Continue reading...

个人觉得默认的do_dssp绘图出来的并不好看,还需要自行ps处理,查看了一下原来第二步xpm2ps的时候可以进行设置,具体可以看官方说明.自己捣鼓了一下发现m2p的输入文件如下设置比较美观: Continue reading...

教程实例文件：ZIP   Continue reading...

Collective MD (coMD)coMD是一个混合的方法，采用VMD插件设计，具有高效的构型改变。ENM模型选择通过 Monte Carlo/Metropolis算法用以加速MD轨迹（Gur et. al,2013）CoMD能够用以评价构象景观（Gur et.al,2015） Continue reading...

MechStiff对于机械刚度计算MechStiff计算机械阻力对于外力（单轴拉伸）应用在于氨基酸残基3D结构的特殊部分（自己也不是很了解这个，翻译质量较差，建议度原文） Continue reading...

Membrane ANM (membrANM)membrANM 是一个工具套件对于研究转运蛋白或者其它膜蛋白的全局结构动力学 Continue reading...

Normal Mode Wizard  Normal Mode Wizard (NMWiz)是一个VMD插件用来设计作为可视化的比较分析正常模式的数据，例如:模型能够来源于主成分，本质动力学，正常模型分析或者描述任何分子的矢量运动 Continue reading...

Evol对于协同进化分析Evol是一个强大且高效的API工具和应用对于分析序列的进化和比较蛋白质动力学功能/作用。 API功能确定保守的和共同进化的氨基酸残基 查询蛋白质家族数据库（Pfam）和索取MSA文件 极其快速的MSA IO 功能 非常灵活的MSA类型序列索引 应用Evol 应用能够允许你分析非常大的MSA文件，保存或者绘画数字结果而不需要编写任何代码。你能够读取输出文件和继续分析使... Continue reading...

ProDy项目ProDy是一个自由并且开源的python工具包，用来进行蛋白质结构模拟分析。其设计作为一个柔性的并且具有API的套件，可以交互式的使用及应用发展。 Continue reading...