小康学习

计算化学与分子模拟爱好者

2016-02-25
- 绘图与可视化
使用VMD绘画豪猪图

文件下载地址：PorcupinePlot Step 1:获得 extreme1.pdb 使用如下命令 1g_anaeig -s protein_CAlpha.pdb -f combinedItajectory.xtc -extr extreme1.pdb -first 1 -last 1 -nframes 50 Step2:使用文本编辑器，从extreme1.pdb保存第一个f... Continue reading...
- VMD
2016-02-25
- 绘图与可视化
使用Pymol的Modevectors脚本绘画豪猪图

原文地址：点我查看英文好的建议看原文，我的英文不是很好，以免有翻译错误或者翻译不准确的地方脚本下载地址：modevectors 使用：加载脚本使用run命令 123modevectors first_obj_frame, last_obj_frame [,first_state=1 [,last_state=1 [,outname=modevectors \ [,head=1.0... Continue reading...
- Pymol
2016-02-25
- 绘图与可视化
制作VMD动画（中文版）/Pymol 动画

原文连接失效了，此为PDF版本：VMD-animations VMD版本第一步：提取轨迹。往往轨迹文件很大，建议先提取其中的一段，或者把步长放大，提取完整的也行。利用指令：trjconv -f nvt.trr -b 0 -e 500 -o nvt_500.trr可以获得轨迹文件中从0到500 ps的轨迹。第二步：导入轨迹安装VMD，然后先导入十进制文件，再导入二进制轨迹文件（这些简... Continue reading...
- Pymol
- VMD
2016-02-24
- 分子模拟
两个PCA分析工具

待编辑： http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/vmd-l/att-15365/PorcupinePlot.tcl http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/vmd-l/9391.html http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/p... Continue reading...
- Groamcs
2016-02-24
- Gromacs
Ubuntu 15.10 Gromacs GPU加速错误解决办法

今天把新电脑装了Ubuntu15.10，装GPU加速版本，但是在gromacs安装的时候出现了问题，在cmake那一步就出错，make时也报错，make check直接显示找不到文件。看错误日志发现CUDA的字眼，猜测是CUDA驱动版本是15.04的缘故，在网上搜，发现了相关教程。贴图如下：按照先前安装教程安装 1.终端输入如下：1**nvcc -V**(注意大写V) 应该有类似输出：1... Continue reading...
2016-02-24
- Gromacs
[读书笔记]Plos One 上一篇突变的文章分析模式学习（简）

标题：Molecular Dynamics Analysis Reveals Structural Insights into Mechanism of Nicotine N -Demethylation Catalyzed by Tobacco Cytochrome P450 Mono-Oxygenase 杂志：Plos One 年份: 2011 影响因子：3.24 文章下载：参考文献po... Continue reading...
2016-02-14
- 分子模拟
自动的Gromacs拓扑生成工具和比较不同力场的溶剂化自由能

原文名称：Automatic GROMACS Topology Generation and Comparisons of Force Fields for Solvation Free Energy Calculations 接受日期：2014年10月26日影响因子:3.32 文章下载：本地下载摘要：现在我们提供一个新的框架，这个框架能够全自动的生成GROMACS拓扑文件对于许多（an... Continue reading...
- Gromacs
2016-02-07
- 分子模拟
[读书笔记]NEDD-8活化酶的低敏感性突变与癌症药物MLN4924抑制剂的分子动力学研究

杂志：Am J Cancer Res 影响因子：3.98 接收：2015年8月发表：2015年11月一篇伊朗的研究论文题目：Molecular dynamics simulation on the low sensitivity ofmutants of NEDD-8 activating enzyme forMLN4924 inhibitor as a cancer drug 全文... Continue reading...
- Gromacs
- 文献
2016-01-19
- 杂项
分析待整理

王新宇@天津<wangdephor@qq.com> 9:07:29@吴萌@上海 ,取残基中两个特定原子间的距离可以吗，比如alpha碳，如果是残基质心的话，我觉得需要自己动手写脚本吴萌@上海(2425896046) 9:10:25我想分析的是两个residue间的距离随时间的变化情况王新宇@天津<wangdephor@qq.com> 9:11:53每个残基好多原子，怎... Continue reading...
2016-01-17
- 绘图与可视化
[转]pymol小技巧-选择配体周围氨基酸残基

我们常常遇到想要选取配体周围几埃范围内的氨基酸，这样更有利于我们分析配体和周围氨基酸的作用。首先我们可以通过命令 12345678#ligand为选择配体的名字select ligand，resn x#设置为红色color red， ligand#配体5埃范围内的残基select 5A， byres ligand around 5show sticks, 5Acolor yellow, 5A... Continue reading...
- Pymol